Dana Scully (Gillian Anderson) wird im FBI-Hauptquartier ins Büro von Director Kersh (James Pickens Jr.) gerufen, der ihr Zeichnungen mit mysteriösen Symbolen zeigt. Sofort erkennt sie, dass es die gleichen Zeichen sind, die auf Teilen eines zerschellten UFOs gefunden wurden, das vor zwei Jahren an der afrikanischen Küste auftauchte. Während Monica Reyes (Annabeth Gish) und John Doggett (Robert Patrick) vermuten, dass die Symbole von einem zweiten Raumschiff stammen, glaubt Scully, dass sie Antworten auf die wahre Herkunft ihres Sohnes William enthalten. Wie gefährlich die Wahrheit ist, erkennt sie jedoch zu spät, denn Anhänger einer UFO-gläubigen Sekte entführen ihren Sohn. Auch sie glauben, dass William auf geheimnisvolle Weise in Verbindung mit dem Raumschiff steht.
Dana Scully (Gillian Anderson) is called to the office of Director Kersh (James Pickens Jr.) at FBI headquarters, who shows her drawings with mysterious symbols. She immediately realizes that they are the same signs found on parts of a crashed UFO that appeared on the African coast two years ago. While Monica Reyes (Annabeth Gish) and John Doggett (Robert Patrick) suspect that the symbols come from a second spaceship, Scully believes that they contain answers to the true origin of their son William. However, she realizes too late how dangerous the truth is, because followers of a UFO-believing sect kidnap her son. They also believe that William is mysteriously connected to the spaceship.