Obwohl Assistant Director Walter Skinner (Mitch Pileggi) und Dana Scully (Gillian Anderson) nicht wissen, wo sich Fox Mulder (David Duchovny) während des letzten Jahres aufgehalten hat, zweifeln sie nicht daran, dass er zu Unrecht unter einem unglaublichen Verdacht steht: Er soll Knowle Rohrer getötet haben, einen der geheimen Super-Soldaten der Regierung. Vor dem Militärgericht übernimmt Skinner Mulders Verteidigung und präsentiert Zeugen, die Mulders Theorie einer Alien-Verschwörung bestätigen. Doch das Gericht scheint die Wahrheit nicht zu interessieren. Als Mulder unerwartet die Möglichkeit zur Flucht erhält, weigert er sich, zur Nordgrenze zu fliehen. Stattdessen will er die Anasazi-Ruinen in New Mexiko erreichen, denn dort soll sich ein mysteriöser weiser Mann aufhalten, den die Indianer den 'Hüter der Wahrheit' nennen.
Although Assistant Director Walter Skinner (Mitch Pileggi) and Dana Scully (Gillian Anderson) don't know where Fox Mulder (David Duchovny) has been for the past year, they have no doubt that he is unjustly under incredible suspicion: He is said to have killed Knowle Rohrer, one of the government's secret super-soldiers. In court-martial, Skinner takes over Mulder's defense and presents witnesses who confirm Mulder's theory of an alien conspiracy. But the court does not seem to be interested in the truth. When Mulder is unexpectedly given the opportunity to escape, he refuses to flee to the northern border. Instead, he wants to reach the Anasazi ruins in New Mexico, where a mysterious wise man is said to be staying, whom the Indians call the 'Keeper of Truth'.