Die 'Magical Girls' haben durch die Änderung in den Gesetzmäßigkeiten der Welt all ihre früheren Erinnerungen verloren und kämpfen in 'Mitakihara' gegen Kreaturen, die aus negativen Gefühlen der Menschen geboren werden. Doch als sich Homura Akemi (deutsch gesprochen von Kaya Marie Möller) nach und nach ihrer fehlenden Erinnerungen bewusst wird, stellt sie Nachforschungen an und findet heraus, dass sie, Madoka Kaname (Lydia Morgenstern) und die anderen 'Madical Girls' in der alternativen Welt einer Hexe gefangen sind. Eine Hexe, die Homura nur allzu gut kennt. Bald schon kämpft sie sich alleine durch eine Welt, die Madoka zum Wohle der Menschheit hinter sich gelassen hat und in einem atemberaubenden Showdown wird das Schicksal der Girls neu besiegelt. Nun wird sich zeigen, ob am Ende Hoffnung oder Verzweiflung siegt, Selbstlosigkeit oder Hass.
The 'Magical Girls' have lost all their previous memories due to the change in the laws of the world and fight in 'Mitakihara' against creatures that are born out of negative feelings of humans. But when Homura Akemi (voiced in German by Kaya Marie Möller) gradually becomes aware of her missing memories, she investigates and finds out that she, Madoka Kaname (Lydia Morgenstern) and the other 'Madical Girls' are trapped in the alternate world of a witch. A witch who knows Homura all too well. Soon she fights her way alone through a world that Madoka has left behind for the good of humanity and in a breathtaking showdown the fate of the girls is sealed anew. Now it remains to be seen whether hope or despair, selflessness or hatred will win in the end.