Die 'Magical Girls' haben durch die Änderung in den Gesetzmäßigkeiten der Welt all ihre früheren Erinnerungen verloren und kämpfen in 'Mitakihara' gegen Kreaturen, die aus negativen Gefühlen der Menschen geboren werden. Doch als sich Homura Akemi (deutsch gesprochen von Kaya Marie Möller) nach und nach ihrer fehlenden Erinnerungen bewusst wird, stellt sie Nachforschungen an und findet heraus, dass sie, Madoka Kaname (Lydia Morgenstern) und die anderen 'Madical Girls' in der alternativen Welt einer Hexe gefangen sind. Eine Hexe, die Homura nur allzu gut kennt. Bald schon kämpft sie sich alleine durch eine Welt, die Madoka zum Wohle der Menschheit hinter sich gelassen hat und in einem atemberaubenden Showdown wird das Schicksal der Girls neu besiegelt. Nun wird sich zeigen, ob am Ende Hoffnung oder Verzweiflung siegt, Selbstlosigkeit oder Hass.