Sie sind das nächste Glied in der Evolutionskette. Die 'X-Men', geboren mit einer einzigartigen genetischen Mutation, die ihnen außerordentliche Superkräfte verleiht. Jean Grey (Famke Janssen) besitzt Fähigkeiten in Telepathie, 'Storm' Ororo Munroe (Halle Berry) kann das Wetter manipulieren und die Augen von 'Cyclops' Scott Summers (James Marsden) können einen Energiestrahl aussenden. In einer mit Hass und Vorurteilen erfüllten Welt sind sie Ausgestoßene. Doch unter der Führung von Professor Charles Xavier (Patrick Stewart) haben sie gelernt ihre Fähigkeiten zum Wohl der Menschheit einzusetzen. Gemeinsam kämpfen sie darum, eine Welt zu beschützen, die sie fürchtet. Sie stellen sich der gefährlichsten Bedrohung der menschlichen Zivilisation: Magneto (Ian McKellen), ein skrupelloser Mutant, der die Zukunft in seine Gewalt bringen will - auch wenn es das Ende bedeutet... der Menschheit... oder der Mutanten.