Agent John Doggett (Robert Patrick) und Agent Monica Reyes (Annabeth Gish) müssen alleine den Kampf gegen Director Kersh (James Pickens Jr.) weiterführen, denn auch Dana Scully (Gillian Anderson) hat sich aus der Sache zurückgezogen. Als aber ihr Baby übernatürliche Kräfte zeigt, bittet sie Doggett, ein Treffen mit einer Frau zu arrangieren, die behauptet, das Produkt eines geheimen Forschungsprojektes zu sein. Angeblich manipuliert die Regierung chemisch das Trinkwasser, um einen übernatürlichen 'Super Soldier' zu schaffen. Ein Plan, der auf grauenvolle Dimensionen ausgeweitet werden soll.