Am Fuße des Hügels, auf dem Bauer Ferdinand, seine Frau Juliette, die beiden Kinder Tom und Lili sowie all die Tiere des Bauernhofs leben, herrscht Unruhe unter den Fröschen. Es gibt keinen Zweifel, alle Vorhersagen stimmen überein: Eine neue Sintflut steht bevor! Angesichts des drohenden Unheils fassen sich die Frösche ein Herz und tun das, was sie sonst nie tun: Sie sprechen mit den Menschen. Die Präsidentin der Frösche prophezeit Tom und Lili, dass es vierzig Tage und vierzig Nächte regnen wird - nichts wird das Unheil aufhalten können. Als sich die Wolken langsam zuziehen und der Himmel sich verdunkelt, beginnt für Ferdinands Familie und ihre Tiere ein großes Abenteuer...
In der deutschen Fassung des französischen Animationsfilm-Abenteuers 'Das Geheimnis der Frösche' (2003) von Regisseur Jacques-Rémy Girerd sind u.a. Nina Hagen, Thomas Fritsch, Peer Augustinski, Ilja Richter und 'SpongeBob' Santiago Ziesmer zu hören.