Wir befinden uns im Jahr 2029. Major Motoko Kusanagi (auf DVD deutsch gesprochen von Christin Marquitan), ein ultrastarker weiblicher Cyber-Agent, jagt im Auftrag der Regierung zusammen mit einer Spezialeinheit des japanischen Innenministeriums den Puppenspieler. Dieser hackt sich wie ein Computervirus in die kybernetischen Gehirne seiner Opfer und manipuliert ihr Gedächtnis. Ursprünglich war er ein geheimes 'Project 2501' des Aussenministeriums und sollte der Prototyp eines virtuellen Agenten werden. Es gelang diesem Hacker jedoch, seinen Schöpfern zu entkommen, und nun befindet er sich auf der Suche nach einem passenden Wirtskörper ausserhalb des elektronischen Netzes. Beide Ministerien machen daher Jagd auf diese allgegenwärtige Entität und versuchen, sich in einem gewaltätigen Hightech-Rennen gegenseitig zuvorzukommen.