Japan in naher Zukunft: Nach dem 3. Weltkrieg sind die Machtverhältnisse neu geordnet und Asien befindet sich unter japanischer Führung. Um die innere Sicherheit zu gewährleisten, setzt die Regierung (eigentlich nur eine Marionette der Großkonzerne) auf sogenannte Sektionen, kleine Gruppen von Agenten, die jede Gefahr für den Staat, ob Kriminalität oder fremde Mächte beseitigen. Die härteste dieser Gruppen ist Sektion 9 unter der Führung Major Mokoto Kusanagis. Zusammen mit den drolligen, aber nichtsdestotrotz tödlichen Tachikoma-Robotern führen sie die Verbrecherjagd in der realen und der Online-Welt fort. Sektion 9 klärt einen Mordfall auf, bevor sich dieser zu einem internationalen Zwischenfall entwickelt, bringt einen Amok laufenden Killer-Robot zur Strecke und löst das Geheimnis um eine Serie mysteriöser Androiden-Selbstmorde. Doch dies ist nur der Auftakt zu ihrem bisher komplexesten Fall: Eine Verschwörung auf höchster Ebene von Politik und Wirtschaft, irgendwo verbunden mit den Aktivitäten eines geheimnisvollen Super-Hackers.