Ein U-Boot ist im Marianas-Graben verloren gegangen. Darum wird ein weiteres U-Boot losgeschickt, das den Verbleib des verschwundenen Schiffs klären soll. Doch nach dem ersten Kontakt werden Commander Farragut (Victor J. Springer) und seine Crew gefangen genommen. Sie erwachen auf der 'Nautilus', dem U-Boot des wahnsinnigen Genies Nemo (Sean Lawlor). Nemo ist es Leid mit anzusehen, wie die Menschheit die Erde verwüstet. Er will der Menschheit unter Wasser in einer perfekten Gesellschaft eine neue Zukunft schenken. Doch dazu benötigt er ein Gerät, in dessen Besitz Lieutenant Aronnax (Lorenzo Lamas) ist. Nur mit ihm kann er Atlantis wiederauferstehen lassen.