In der Zeit nach dem Bürgerkrieg erzählt 'A Prayer for the Dying' die Geschichte des Veteranen Jacob Hansen (Johnny Flynn), dessen amerikanischer Traum von einem neuen Leben in 'Friendship' im US-Bundesstaat Wisconsin rasch zum Albtraum wird. Als eine tödliche Seuche und ein bedrohlicher Waldbrand Chaos verbreiten, muss Jacob, der zugleich als Sheriff, Bestatter und Pastor fungiert, neben Doc (John C. Reilly) und seiner Frau Marta Hansen (Kristine Kujath Thorp) um die Rettung der Stadt, seiner Familie und seiner Seele kämpfen.