Nils Holgersson lebt mit seinen Eltern, auf einem Hof in Südschweden. Für Nils (mit der deutschen Stimme von Philipp Brammer) ist es das größte Vergnügen, die Tiere in Haus, Hof und Feld zu quälen. Als Strafe wird er von einem Wichtelmännchen in einen Zwerg verzaubert. Mit ihm schrumpf auch sein Hamster Krümel (Helga Anders). Und noch etwas geschieht: Nils kann plötzlich die Sprache der Tiere verstehen. Nils freundet sich mit den Wildgänsen an und fliegt auf ihrem Rücken der Gans Martin (Michael Rüth) übers Land. Doch überall lauern Gefahren, wie die Wetterhexe oder die Natter Hilflos, die ihm Rache geschworen hat. In einem heftigen Sturm fällt Nils von Martins Rücken und landet inmitten einer Bärenfamilie. Die Bärenkinder freuen sich über das vom Himmel gefallene Spielzeug. Der zum Däumling verzauberte Lausbub Nils versteht plötzlich die Tiere, die er sonst immer gequält hat, denn nun sind sie die Stärkeren. Als Erzählerin führt Dagmar Heller durch die Geschichten.
Die 1. Staffel mit Nils Holgersson zeigt die folgenden ersten Episoden:
01. Das Wichtelmännchen
02. Der Ruf der Wildgänse
03. Der Fuchs Smirre
04. Die Eichhörnchenkinder
05. Das Schloss Vittskövle
06. Das Spiel der Wildgänse
07. Im Regenwetter
08. Schloss Glimminge
09. Das Frühlingsfest der Tiere
10. Karlskrona
11. Die Nacht am Ronneby-Fluß
12. Daunenfein
13. Das Höllenloch
14. Die Wetterhexe
15. Die versunkene Stadt
16. Der Schatz von Sunnerbo
17. Fumle Drumle
18. Jarro, der Lockvogel