Agent John Doggett (Robert Patrick) und Agent Monica Reyes (Annabeth Gish) müssen alleine den Kampf gegen Director Kersh (James Pickens Jr.) weiterführen, denn auch Dana Scully (Gillian Anderson) hat sich aus der Sache zurückgezogen. Als aber ihr Baby übernatürliche Kräfte zeigt, bittet sie Doggett, ein Treffen mit einer Frau zu arrangieren, die behauptet, das Produkt eines geheimen Forschungsprojektes zu sein. Angeblich manipuliert die Regierung chemisch das Trinkwasser, um einen übernatürlichen 'Super Soldier' zu schaffen. Ein Plan, der auf grauenvolle Dimensionen ausgeweitet werden soll.
Agent John Doggett (Robert Patrick) and Agent Monica Reyes (Annabeth Gish) have to continue the fight against Director Kersh (James Pickens Jr.) alone, because Dana Scully (Gillian Anderson) has also withdrawn from the matter. But when her baby shows supernatural powers, she asks Doggett to arrange a meeting with a woman who claims to be the product of a secret research project. Allegedly, the government is chemically manipulating drinking water to create a supernatural 'Super Soldier'. A plan that is to be extended to gruesome dimensions.